是的,我们已经成功地准备从cfDNA库使用Pico Methyl-Seq工具包。

1。确保有多样性的第一夫妇的基地。Illumina公司建议选择条形码不共享相同的基本立场。2。根据“订购新引物可以购买额外的索引引物多路复用?“第三节。Illumina公司推荐以下多路复用策略6或更少的样品:2样品池:•指数# 6 GCCAAT•指数# 12 CTTGTA池3样本:# 4 TGACCA••指数指数# 6 GCCAAT•指数# 12 CTTGTA池6样本:•指数# 2 CGATGT•指数# 4 TGACCA•指数# 5 ACAGTG•指数# 6 GCCAAT•指数# 7 # 12 CTTGTA CAGATC•索引

是的,该指数底漆用于图书馆准备包是相同的。包都使用的引物序列Illumina公司TruSeq小RNA图书馆准备工具。

我们建议调整在单一的阅读顺序。

我们通常序列Pico Methyl-Seq库与50个基点读取因为试图使读取超过50个基点导致降低调整利率。如果你还想序列库在100个基点或读取150个基点,我们建议削减读取到50个基点对齐,或连续5 - 10 bp每次看到什么时候对齐上升。Pico Methyl-Seq TruSeq生成库库。索引条形码的协议,可用于纸样上载到NextSeq多路分解。

我们量化输入DNA用量子位或Nanodrop,但任何方法都可以。输入与周期的范围宽,输入是充分的估计。基于1 ng,我们建议运行10周期放大。输入应该RNA-free DNA。

我们建议设置盖子温度不高于40°C PrepAmp反应(见第5页,第二节的步骤3),因为它可能导致分裂。

使用更高比例的PrepAmp底漆输入会导致DNA引物二聚体,进行最后的库。帮助避免带型:——试着减少PrepAmp底漆20 nM (~ 10 - 50 ng)的输入或输入10 nM (< 10 ng)。-请评估样本类型和样本数量的最佳比例。比率依赖类型的输入(cfDNA gDNA,限制性内切酶消化,等等)。图书馆是图书馆产生的Pico Methyl-Seq准备装备定向或非定向?图书馆准备用这个工具是无方向性的,因此,原最高,原始,互补链为每个将代表。

是的,EZ DNA甲基化——闪电可以代替试剂的试剂EZ DNA甲基化——直接工具包(D5020)。

这些引物的序列的专有,但基于Illumina公司TruSeq适配器。为了削减,我们的生物信息学团队使用这个序列:GATCGGAAGAGC