EZ Nucleosomal DNA准备装备
D5220
突出了
- 隔离的nucleosome-associated哺乳动物和酵母细胞的DNA。
- 适合用在核小体映射研究。
描述
| 适用于 | 所有敏感的下游应用程序如qPCR和下一代测序。 |
|---|---|
| 处理体积 | ≤106细胞 |
| 纯度 | 典型的A260 / A280≥1.8 |
| 样本来源 | 核小体相关的DNA从哺乳动物和酵母细胞分离和净化。 |
| 样品存储 | 筛选了DNA应该存储在≤-20°C。 |
| 收益率 | 25 µg总DNA可以筛选了为≥25µl。DNA 75 bp - 10 kb复苏70 - 90%。DNA 11 kb - 23 kb复苏是50 - 70%。 |
Q1:酶的敏感性不同细胞类型?
一旦分离细胞核,酶的敏感性不同细胞类型之间应该类似。然而,一些细胞系的洗涤剂会更敏感核准备缓冲,从而导致核的丧失。你可以稀释细胞核预科1:1的缓冲区dsDNase消化核前缓冲隔离。
Q2:亚特兰蒂斯dsDNase和MNase之间的区别是什么?
•亚特兰蒂斯dsDNase双链DNA特定核酸内切酶,裂解在DNA产量寡核苷酸磷酸二酯键5 '磷酸和3 '羟基末端。增加孵化时间与亚特兰蒂斯dsDNAse将提高效率,创造更多mono-nucleosomal DNA。
•微球菌的核酸酶(MNase)是一个单和双链DNA和RNA酶。MNase是单链核酸更具体,但乳沟是偏向at富集和AU-rich序列。MNase将导致亚特兰蒂斯dsDNase相比更健壮的消化。增加孵化时间与MNase将增加这种酶的效率并产生更多mono-nucleosomal DNA。
•所需的酶的选择取决于下游应用程序。
Q3:粘性末端片段的5 '和3 '逼近?的相对丰度不同的目的是什么?
亚特兰蒂斯dsDNAse生成random-end,即钝和粘性末端DNA片段,没有特定的悬臂长度。
第四季度:如果nucleosomal DNA是剪切不当和大多数DNA是完好的吗?
洗使胰蛋白酶化细胞颗粒与PBS是非常关键的一步。中残留的EDTA细胞颗粒会减少和亚特兰蒂斯dsDNAse MNase消化效率。其他注意事项不完整的剪切:•检查正确数量的细胞消化。(D5220工具包:1 x106哺乳动物细胞)•如果你只想mono-nucleosomal DNA包含mono -而不是nucleosomal梯,di - tri-nucleosomal,等等,你将需要增加酶的浓度。根据我们的经验,我们需要使用> 1 u /亚特兰蒂斯dsDNAse每百万细胞。
微球菌的核酸酶消化进行胚胎干细胞使用EZ Nucleosomal DNA准备工具包和paired-end库生成的序列。研究表明异构染色质转录起始点的周围组织以及独特的核小体资料与表观遗传模式可以识别多能性相关。
Yazdi PG等。(2015)。核小体组织在人类胚胎干细胞。PLoS ONE。10 (8)。EZ Nucleosomal DNA准备工具包被研究人员隔离Nucleosomal 293英尺的DNA细胞之前执行染色质易访问性实时PCR (CHART-PCR)调查- 2启动子染色质结构的存在着重结合蛋白(TBP-TALE)和VP64-TALE活化剂在非免疫细胞。他们发现广告的结合'CF故事而不是空的矢量控制增加DNase - 2启动子我过敏。
安东尼·K et al。(2014)沉默细胞因子基因启动子的激活TBP-TALE和VP64-TALE催化剂的协同效应。《公共科学图书馆•综合》。2014年4月22日,9 (4):e95790。研究人员使用EZ Nucleosomal DNA从Zymo准备工具研究分离细胞核,消化染色质,净化Nucleosomal Hep3B细胞或SW13细胞的DNA,转染空载体或向量表达WT缺失或ATPase-dead缺失。纯化nucleosomal DNA用于SYBR Green-based qPCR确定核小体定位CA9和LDHA推动者。
塞纳JA et al。(2013)缺失和BRM染色质重塑复合物作为co-activator调节缺氧反应的诱导目标基因的一个子集。摩尔细胞杂志。阅读更多
| 猫# | 的名字 | 大小 | ||
|---|---|---|---|---|
| D5220-3 | MN消化缓冲 | 50毫升 | ||
| D5220-4 | 5 x MN停止缓冲 | 6毫升 | ||
| D5220-2 | 核准备缓冲 | 50毫升 | ||
| D5220-1 | 微球菌的核酸酶 | 10 U / 100µl | ||
| E2030 | 亚特兰蒂斯dsDNase | 12.5 u | ||
| E2030-1 | 亚特兰蒂斯消化缓冲 | 50毫升 | ||
| D4003-2-6 | DNA洗缓冲区(集中) | 6毫升 | ||
| D4003-1-25 | DNA结合缓冲区 | 25毫升 | ||
| D3004-4-1 | DNA洗脱缓冲 | 1毫升 | ||